Prosjektet (SEQ-TECH) er en nylig oppstartet intern satsing som skal bidra til å etablere den nye sekvenserings-teknologien ved Veterinærinstituttet.
Veterinærinstituttet er i en unik posisjon med tanke på kompetanse og tilgang til prøvemateriale fra dyr, fisk, miljø og mat i Norge. Med «Next-generation sequencing» kan prøvematerialet og «banker» av mikrobestammer benyttes på nye måter som kan gi et bedre grunnlag for rådgivning og risikovurderinger innen fiskehelse, dyrehelse og mattrygghet og bedre vurdere hvordan dette påvirker situasjonen sett i et helhetlig én helse-perspektiv. Dette forteller Camilla Sekse som leder prosjektet ved Veterinærinstituttet.
- Den nye generasjonen sekvenseringsteknologi er viktig både innen human- og veterinærmedisin. Kunnskap og kompetanse på slik teknologi er avgjørende for å kunne oppfylle vår rolle som en sentral samfunnsaktør med en ledende rolle innen beredskap på smitte og sykdom som kan ramme dyr i vann og på land, mennesker og miljø, sier hun og fortsetter:
- I årene som kommer vil teknologien bli viktig for å bedre diagnostikk, smittesporing og håndtering av sykdomsutbrudd. I tillegg vil den gi muligheter til å oppdage nye og ukjente sykdommer. Teknologien kan eksempelvis indikere hvordan en infeksjon påvirker verten, samt hvilken effekt vaksiner og endret kosthold kan ha både på verten og mikrobiotaen (for eksempel tarmfloraen).
I oppstarten av prosjektet vil vi ha hovedfokus på helgenomsekvensering, som gir oss kunnskap om en organismes samlede arvestoff. Kunnskap om mikroorganismenes arvestoff er viktig innen risikovurdering for å kunne vurdere hvilket potensiale ulike bakterier og virus har til å forårsake sykdom og for å spre antibiotikaresistens.
Nytteverdien av «Next generation sequencing» kom tydelig frem under et stort utbrudd av sykdomsfremkallende E. coli (enterohemmoragisk E. coli (EHEC)) som startet i Tyskland i 2011 og spredte seg i store deler av Europa –
- Dette er et av de største E. coli-utbruddene som er beskrevet, nesten 4000 ble syke og over 50 personer døde, forteller Sekse.
- Ved hjelp av helgenomsekvensering kunne forskerne raskt karakterisere bakteriestammen og identifisere de genetiske egenskapene som økte mikrobens evne til å fremkalle sykdom. Utfra disse analysene ble det raskt identifisert egenskaper hos mikroben som igjen ble brukt for å avklare omfanget av utbruddet, og etter hvert identifisere sannsynlig smitte og smittevei, forklarer hun.
Helgenomsekvensering brukes nå i flere land for overvåkning av sykdomsfremkallende og antibiotikaresistente bakterier, samt identifisering og sporing av sykdomsutbrudd.
Sekse forklarer at når nødvendig kunnskap og kompetanse er opparbeidet innen helgenomsekvensering vil instituttet også kunne videreutvikle og etablere rutiner for andre sekvensbaserte bruksområder, inkludert metagenomikk og transkriptomikk.
Prosjektet er finansiert av Norges forskningsråd øremerket til strategisk instituttsatsing og det er bevilget 16 mill. kr i perioden 2019-2022.
Les også om den andre strategiske instituttsatsingen: BIO-DIRECT
