Veterinærinstituttet har følgende referansefunksjoner: 

• Nasjonalt referanselaboratorium (NRL) innenfor dyrehelse (inklusiv fisk og krepsdyr), fôr og næringsmidler iht. Kontrollforordningen
• Internasjonale referansefunksjoner på spesifikke områder under WOAH (Verdens dyrehelseorganisasjon)
• Nasjonalt referanselaboratorium innenfor medisinsk mikrobiologi iht. MSIS-forskriften og rundskriv 1-5/2013.