Veterinærinstituttet har følgende referansefunksjoner:

• Nasjonalt referanselaboratorium (NRL) innenfor dyrehelse (inklusiv fisk), fôr og næringsmidler iht. Kontrollforordningen
• Internasjonale referansefunksjoner på spesifikke områder innenfor dyrehelse under OIE (Verdens dyrehelse-organisasjon)
• Nasjonalt referanselaboratorium innenfor medisinsk mikrobiologi iht. MSIS-forskriften og rundskriv 1-5/2013.