Mort (Rutilus rutilus) er fremmed art for Trøndelagsregionen. I Bymarka har den vært til stede siden 1880-årene, men videre spredning utover i regionen er kun kjent fra de siste 30 år. Mort har et stort potensial til å endre økosystemet i nye lokaliteter. Dette har negative konsekvenser for både biomangfold og vannkvalitet. I 2013 ble det oppdaget mort i Vikerauntjønna like ved Jonsvatnet, som er Trondheim og Malviks drikkevannskilde. Trondheim kommune vurderte faren for spredning til drikkevannskilden for stor og reell. Rotenonbehandling ble vurdert til eneste tiltak som med kunne fjerne mort, og dermed trusselen ovenfor drikkevannskilden. I tillegg ville rotenonbehandlingen fjerne en fremmed art med potensielle negative effekter for biodiversiteten i hele Trøndelagsregionen. Dette medførte tillatelse til rotenonbehandling av sju vann i Bymarka med bestand av mort i 2016. De sju vatna er Lianvatnet, Haukvatnet, Kyvatnet, Sølvskakkeltjønna, Kobberdammen, Baklidammen og Theisendammen.

Trondheim kommune søkte om tillatelse til kjemisk bekjempelse, og var oppdragsgiver for bekjempelsen av mort i Bymarka. Miljødirektoratet ga tillatelse til gjennomføring, og Veterinærinstituttet fikk oppdraget å prosjektere og gjennomføre rotenonbehandlingen. Behandlingen ble gjennomført 19.-22. september 2016. Rotenonkonsentrasjonen i vatna ble fulgt med vannprøvetaking frem til vatna var frie for rotenon. Det ble totalt samlet inn over 3,8 tonn fisk, hvorav over 3, 2 tonn mort og 559 kg gjedde. Det er ikke sannsynlig at mort har overlevd behandlingen. Rotenonbehandlingen har også ført til at den introduserte bestanden av gjedde er fjernet fra Bymarka