Det er registrert en nedgang i antall lokaliteter med påvist pankreassykdom (PD) og infeksiøs lakseanemi (ILA), og det er også registrert en økning i antall lokaliteter med påvist infeksiøs pankreasnekrose (IPN).

Infeksjon med IPN-virus ser ut til å ha vært et større problem totalt sett i 2009 enn i 2008. Samtidig er også lakselussituasjonen forverret med hensyn til resistensutvikling. Det er observert økende grad av nedsatt følsomhet/resistens mot de lakselusmidlene som har vært brukt de siste ti årene og som fram til nå har vært svært effektive. Dette gjelder både emamectinbenzoat og pyretroider. Det er også registrert mer lus i norske oppdrettsanlegg enn på flere år, og da spesielt på slutten av 2009.

 tillegg rapporteres det fra fiskehelsetjenestene at det er problematisk å gjennomføre vellykkede koordinerte avlusninger i enkelte regioner.