Helsesituasjonen for laks og ørret i norske oppdrettsanlegg er generelt god. Mens mange bakteriesykdommer for noen år siden ga betydelige tap, er de fl este av dem nå under kontroll. I forhold til hvor store mengder fi sk
som produseres, brukes det svært lite medikamenter i laksenæringen. Fortsatt forårsaker imidlertid virus omfattende problemer og gir store økonomiske tap.

Det finnes også tilstander man så langt har mangelfulle kunnskaper om, som de tapsbringende sykdommene proliferativ gjellebetennelse, hjerte- og skjelettmuskelbetennelse (HSMB) og kardiomyopatisyndrom eller hjertesprekk (CMS). Det er derfor viktig med fortsatt forskning på sykdomsforebygging, diagnostisering og behandling.

Vellykket sykdomskontroll krever også at alle ledd i næringen følger generelle smittehygieniske prinsipper for å unngå smittespredning mellom lokaliteter og generasjoner.