MucoPath vil ha et sterkt fokus på å utvikle eksperimentelle og analytiske plattformer for å studere verts-agens interaksjoner på mukosale overflater av hud, gjeller og tarm. Prosjektet vil blant annet etablere en mukosal, gastrointestinal smittemodell for PRV. Praktisk sett vil dette arbeidet være sentrert omkring to større infeksjonseksperimenter. Den andre av disse vil også inkludere et fokus på effekter av mykotoksiner, gjennom samarbeid med FunTox, det andre SIS-prosjektet på NVI. Videre vil prosjektet gjennomføre et tredje infeksjonseksperiment som fokuserer på ektoparasitten Gyrodactylus salaris. Siden ektoparasitter og intracellulære virus-patogener i dag utgjør den største sykdomsbyrden i norsk akvakultur, er begge disse sykdomsmodellene svært relevante.

MucoPath-prosjektet vil videre tilegne betydelige ressurser til utviklingen av en attenuert (svekket) salmonid alfavirus (SAV) -stamme. Tilnærmingen vil anvende en bestemt revers genetikk-metodikk, og vil bli utført i samarbeid med Michel Bremont og Stephane Biacchesi (INRA, Frankrike). Den attenuerte SAV-stammen vil utgjøre et svært interessant reagens som kan anvendes i studier av både virulens og utvikling av antiviral immunitet. I et lengre perspektiv vil den svekkede SAV kunne bli anvendt som en vaksine.

For å matche utfordringene fra å analysere vertspatogen-interaksjoner, vil MucoPath fokusere betydelig på RNA-pyrosekvensering og bioinformatisk analyse av gentranskripter. Bioinformatisk metodikk som tillater tolkning av svært kompliserte data som transkripsjonsprofiler, er avgjørende for å "destillere" det essensielle i "biologien" som disse profilene representerer. I så måte har de siste årene brakt nye vitenskapelige disipliner som systembiologi og særlig systemvaksinologi, som begge fokuserer på å forstå dynamikken i komplekse systemer. Konkret vil MucoPath anvende disse tilnærmingene ved å (delvis) finansiere en person dedikert til de omtalte bioinformatiske disipliner. En slik strategi kunne materialisere seg i forskjellige former, hvor det spesielt gunstige alternativet ville være å sende en kandidat på et lengre opphold hos en ekspert på feltet. Siden transkripsjonsprofildata hovedsakelig vil bli produsert i senere stadier av prosjektet, vil den nye bioinformatikkstrategien være fokusert på den siste delen av MucoPath.

MucoPath vil bruke kapasiteten til molekylær gjenkjenning og karakterisering av nye og ‘emerging’ patogener som ble etablert i MucoPath. Metoder som ligger til grunn for slik påvisning av nye patogene, f.eks. molekylære teknikker og bioinformatikk, vil bli videreutviklet og standardisert.

MucoPath vil opprettholde innsatsen for å etablere en plattform for produksjon av monoklonale antistoffer. 

Prosjektleder

Søren Grove

Samarbeidspartnere

• INRA (Frankrike)