Cand. Scient. Jarle Mikalsen disputerte for pH.D. - graden ved Norges veterinærhøgskole med avhandlingen: “Diagnosis and characterisation of intracellular Gram-negative pathogens of marine and salmonid fish” i 2008. 

Torsk i oppdrett har vært rammet av alvorlig sykdom forårsaket av en hittil ukjent bakterie. Gjennom sitt doktorgradsarbeid har Jarle Mikalsen bidratt til at denne bakterien er identifisert og navngitt som Francisella philomiragia susp. noatunensis.

Bakterien gir sykdommen francisellose som er på den nasjonale sykdomslisten, og som reguleres i henhold til bestemmelser i Matloven.

Mikalsens arbeid med intracellulære bakterier (bakterier som lever inne i kroppens celler) i oppdrettstorsk og -laks har bidratt til økt kunnskap og forbedret diagnostikk vedrørende disse bakteriene. Doktorgradsarbeidet har slik gitt et viktig bidrag til forståelsen av bakterielle infeksjoner med tilknytting til oppdrettsnæringen.

Avhandlingen er en del av et samarbeid mellom flere norske forskningsmiljøer. Samarbeidet har hatt som mål å øke kunnskapen om bakterielle infeksjoner som har betydning for helse og økonomi i oppdrettsnæringen. Mikalsen har vært med på å utvikle nye diagnostiske metoder for påvisning av bakterier som gir sykdom hos norsk oppdrettsfisk, og en viktig del av dette arbeidet var identifisering og karakterisering av bakterien Francisella philomiragia subsp. Noatunensis.

I tillegg til identifiseringen av Francisella-bakterien, er det oppnådd ett gjennombrudd når det gjelder påvisning av bakterien Piscirickettsia salmonis. P. salmonis er en annen intracellulær bakterie som har gitt betydelige tap for oppdrettsnæringen både nasjonalt og internasjonalt, da spesielt i Chile.

Doktorgradsarbeidet er sammensatt av seks vitenskaplige artikler og er gjennomført ved Veterinærinsituttet, i nært samarbeid med forskingsmiljøene ved Norges veterinærhøgskole.